HTC HD2 stał się jednym z najczęściej modyfikowanych urządzeń. Dotyczy to przede wszystkim możliwości obsługiwania go pod różnymi systemami operacyjnymi. Pierwotnie instalowano w nim system Windows Phone Classic. Sam Microsoft nieoficjalnie odradza instalowanie innych typów i wersji systemów operacyjnych. Nie zadowalało, to jednak modderów, którzy zwani są również jako garażowi majsterkowicze. Modyfikując HTC HD2, stworzyli model obsługiwany także przez Android’a 2.3 oraz Windows’a Phone 7.

Stosowny instruktaż tłumaczący krok po kroku jak instalować alternatywne systemy, pojawił się już na forum XDA Developers. Wskazówki te można znaleźć na http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=913815. Dotyczą one wyżej wspomnianych obu systemów operacyjnych. Z poradnika można doczytać, że do modyfikacji urządzenia niezbędne będzie czytnik kart pamięci SD, dwie karty microSD oraz aplikacja do partycjonowania. Wszystkie czynności są dobrze opisane w poradniku, lecz osoby które słabo znają się na telefonach nadal mogą mieć kłopoty ze zmianą systemu.